Las Cuevas de Fuentes de León fueron declaradas como Monumento Natural en julio del año 2001.
Por la importancia de la cueva para los poblaciones de determinadas especies de murciélagos, la Cueva del Agua ha sido propuesta como Lugar de Importancia Comunitaria (LIC), en cumplimiento de la Directiva de Hábitats (92/43/CEE).
Este Monumento Natural se encuentra al sur de la provincia de Badajoz, casi en el límite con Huelva. La Sierra de Tentudía, situada el este, es la referencia más relevante. Hacia el norte y oeste, las extensas dehesas de encinas y alcornoques dan paso al área de Sierra Sur.
La totalidad del conjunto de cuevas se encuentra en el término municipal de Fuentes de León y ocupan una superficie de 200 ha. situadas en la sierra del Puerto en el paraje conocido como suerte de los Morteros. Se accede a ellas a través de una pista que sale a la izquierda de la carretera que une Fuentes de León con Cañaveral de León (esta última localidad pertenece a la provincia de Huelva), aproximadamente en el kilómetro dos.
No dispone actualmente de equipamientos ambientales ni está permitida su visita sin autorización expresa.